Beskedet kom från EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen inför ett utrikesministermöte för EU-länderna, där flera insatser gentemot Ryssland diskuteras.
Förberedelserna för ett förbud för ryskt flyg över svenskt luftrum hade redan inletts inför EU-beslutet. Beslutet fattades sedan vid ett regeringssammanträde på söndagskvällen.
– Det kommer att gälla från och med midnatt, säger försvarsminister Peter Hultqvist (S).
Den finländske transportministern Timo Harakka har tidigare meddelat att flygförbud införs. Finland och Ryssland delar omkring 130 mils gräns.
Samma dag som Ryssland inledde den fullskaliga invasionen av Ukraina beslutade Sverige och Finland att inte tillåta den ryska statsdumans talman Vjatjeslav Volodin att flyga över länderna. Det uppges ha förlängt hans resa med två och en halv timme.