Nu sägs samarbetet upp med anledning av Rysslands invasion av Ukraina.
"Den ryska invasionen av Ukraina är oacceptabel. I ett exceptionellt läge som detta är det viktigt att vi markerar vårt stöd för det ukrainska folket samt att vi står upp för deras och allas vår rätt till frihet", säger Katrin Stjernfeldt Jammeh (S), kommunstyrelsens ordförande, i ett pressmeddelande från kommunen.
Sedan avsiktsförklaringen signerades i mitten av 1990-talet har ett projekt med förebyggande insatser genomförts i Kaliningrad i samarbete med Sida.
"Rysslands militära aggression mot grannlandet Ukraina har ställt Europas säkerhetsordning på huvudet. I det läget kan inte Malmö stad upprätthålla något samarbete med den ryska staden Kaliningrad", säger Roko Kursar (L), kommunstyrelsens förste vice ordförande.
Kaliningrad ligger vid Östersjön och gränsar till Polen och Litauen.