Vid tidigare tillsynsbesök på skolan, som drivs i Långaryd av det kristna samfundet Plymouthbröderna, har ingen berättat för Skolinspektionen om den speciella uppförandekod som gällt för lärarna.
Dokumentet har väckt uppmärksamhet sedan SVT Nyheter Halland avslöjat att det innehöll formuleringar om att lärarna ska skydda eleverna från "moraliskt farligt material", exempelvis material som "ifrågasätter att det var gud som skapade mannen, kvinnan och djuren".
Vidare skulle eleverna av lärarna skyddas från material som "ifrågasätter principen om kyskhet och äktenskapets helighet".
Att Skolinspektionen inte fått veta detta kan ha berott på sekretessavtalet, menar myndigheten, som skriver: "Det är allvarligt att en klausul som riskerar att försvåra exempelvis Skolinspektionens tillsyn har funnits i anställningsavtalen".
Både sekretessavtalet och den så kallade uppförandekoden skrevs om i januari och därför bedömer Skolinspektionen att risken för att läroplanen inte följs på skolan är undanröjd. Men myndigheten kommer att göra en ny tillsyn senare för att kontrollera att de gamla versionerna inte fortsatt präglar skolverksamheten.