Misstaget ledde till flera komplikationer varpå mannen dog sju veckor efter ingreppet.
Händelsen lex Maria-anmäls nu av Region Jönköping till Inspektionen för vård och omsorg, rapporterar SVT Jönköping.
Operationen gjordes i förebyggande syfte och ska enligt regionen vara okomplicerad att genomföra.
På grund av felet fick operationen genomföras på nytt, varpå patienten fick vätska från magen i sina lungor. Det ledde till att patienten fick lunginflammation.
Ärret från tarmen sprack sedan och patienten var då i behov av ytterligare en operation. Då drabbades patienten av en hjärtinfarkt och avled senare.
Rättad: I en tidigare version fanns en felaktig uppgift om stomipåsen.