Enligt myndigheten ska störningarna nu vara lösta. Däremot kan det fortsatt kvarstå vissa fördröjningar.
Problemet ska enligt presstjänsten ha legat hos myndighetens driftleverantör.
– Det vi har information om nu är att det inte ser ut att vara någon form av attack, säger Jenny Hellgren, pressansvarig på E-hälsomyndigheten, till TT.