International Assistance Mission (IAM) uppger att deras personal vid två tillfällen hämtats från kontoret i provinsen Ghor i centrala Afghanistan och förts till Kabul .
Abdul Wahid Hamas Ghori, regeringstalesperson i provinsen, säger till nyhetsbyrån AFP att säkerhets- och underrättelsetjänst har haft organisationen under bevakning en tid.
– Dokument och ljudupptagningar som beslagtagits visar att de inbjuder till kristendom, säger han utan att gå närmare in på detaljer.
Enligt honom har 21 personer gripits, bland dem en amerikansk kvinna.
Hjälporganisationen IAM har tidigare uppgett att 18 personer förts bort och att man inte vet vad de anklagas för.
"För tillfället har vi ingen information om anklagelserna mot vår personal och kan därför inte kommentera eller spekulera kring situationen", skriver de på sin hemsida.
IAM är en i grunden kristen organisation, men understryker att man värderar och respekterar afghansk kultur och traditioner och att man ger hjälp och stöd oavsett religiös eller politisk övertygelse.