Talibaner skingrade de mindre folksamlingar som bildades på platsen.
– Vi vill inte ha någon självmordsexplosion eller attack, sade 22-årige Ajmal Toofan.
Många försöker desperat få lämna landet – flera i köerna har medicinska tillstånd som de inte kan få hjälp med i Afghanistan. Andra vill ha en chans att fly det nya styret.
– Det är inte fredligt här. Om situationen blir värre kan vi fly om vi har våra pass, sade 26-åriga Mursal Rasooli med sin tvååriga dotter på armen.
Efter att talibanerna återtog makten den 15 augusti avbröts passhanteringen. I oktober öppnade den igen, men en flod av ansökningar gjorde att utrustningen bröt samman. Nu ska den återigen fungera.
Att utfärda pass och låta människor lämna landet under den humanitära kris som FN har kallat en "hungerlavin" anses vara ett test på talibanernas engagemang för det internationella samfundet.