Beskedet kom i ett brev från landets ekonomiminister, där det står att alla icke-statliga organisationer som inte följer regeln kommer att få sitt verksamhetstillstånd i Afghanistan återkallat.
Enligt finansdepartementet har det kommit in "allvarliga klagomål" om att kvinnor anställda vid icke-statliga organisationer inte använder den "korrekta" huvudsjalen.
Det framgår inte om reglerna gäller för alla kvinnor eller bara för afghanska kvinnor som jobbar för de icke-statliga organisationerna.
Reaktioner från EU och USA
EU har på lördagen gått ut och fördömt beskedet.
"Europeiska unionen fördömer starkt talibanernas beslut att hindra kvinnor från att jobba för nationella och internationella icke-statliga organisationer", säger en talesperson för EU:s utrikeschef Josep Borrell i ett uttalande.
"Vi utvärderar situationen och vilken påverkan det kommer ha på vår hjälp på marken".
USA:s utrikesminister Antony Blinken skriver på Twitter att han är "djupt oroad" över beskedet.
"Kvinnor är centrala för humanitära insatser runt om i världen. Det här beslutet kan bli förödande för det afghanska folket."
Vattenkanoner mot kvinnor
Samtidigt uppger ögonvittnen att säkerhetsstyrkor i staden Herat använt vattenkanoner för att skingra kvinnor som protesterade mot de talibanska myndigheternas beslut att utestänga kvinnor från landets universitet.
Sedan kvinnor i tisdags stängdes ut från universitet har afghanska kvinnor i större städer demonstrerat mot beskedet.