Faizullah Jalal har i flera tv-intervjuer anklagat talibanerna, som störtade den tidigare regeringen i augusti, för att styra med våld och förvärra landets ekonomiska kris.
Talibanernas talesperson Zabihullah Mujahid skriver på Twitter att Jalal greps i lördags på grund av uttalanden han gjort i sociala medier. Talibanerna hävdar att professorn försöker vända människor "mot systemet" och han påstås också ha skadat människors "värdighet" genom sina inlägg.
Faizullah Jalal är gift med en av Afghanistans första kvinnliga presidentkandidater, Masooda Jalal som ställde upp mot Hamid Karzai 2004.