Organisationen är den största kanalen för svenskt bistånd till Afghanistan och en stor del av dess arbete sker inom sjuk- och hälsovård samt utbildning på den afghanska landsbygden. Bland annat förser SAK en miljon människor med sjukvård i två av landets provinser.
Av SAK:s totalt 8 000 anställda i Afghanistan är 3 000 kvinnor, varav omkring 1 000 arbetar inom vården och 1 500 med utbildning.
Vad som kommer att ske nu är inte helt klart. Men på måndagen träffade FN:s högst uppsatte representant i Afghanistan, Ramiz Alakbarov, talibanstyret i ett försök att stoppa beslutet om kvinnliga anställda.
Fokus på dialog
Under tiden har flera stora biståndsorganisationer som Rädda barnen och Norska flyktingrådet beslutat sig för att pausa arbetet i Afghanistan, men SAK avvaktar. Tillsammans med flera biståndsaktörer och FN hoppas man kunna föra en fruktsam dialog med talibanerna.
– Vi söker nu klarhet från myndigheterna om hur förbudet ska förstås och hur de menar att det ska tillämpas, och vad som egentligen är anledningarna till att de menar att det måste införas. Vi är tydliga med att beslutet kan få väldigt stora negativa konsekvenser, säger generalsekreterare Andreas Stefansson.
– Får vi inte nya besked snarast som ger kvinnor möjlighet att fortsätta vara verksamma kan vi bli tvingade att stänga ner verksamheter.
Förvirring råder
I nuläget har SAK löst frågan temporärt genom att låta kontorsanställda kvinnor arbeta hemifrån. Detta av säkerhetsskäl då kontrollen av kvinnor i checkpoints och vid vägspärrar skärpts.
Andra SAK-anställda kvinnor går till jobbet än så länge.
– Det har också gått ut indikationer från ledningen för hälsomyndigheter om att hälsopersonal är undantagna, det råder lite förvirring om vad som gäller. Då har vi och andra sett att kvinnor kan gå till kliniker och sjukhus där de jobbar. Men vi vill få undantaget bekräftat.
De allra flesta skolor i landet är just nu stängda på grund av det långa vinterlovet och öppnar i mars.
– Vi gör vårt yttersta för att kvinnliga lärare då ska kunna gå till jobbet, säger Andreas Stefansson.
"Fråga om liv och död"
Främst på den afghanska landsbygden gäller konservativa normer vilket gör att manlig vårdpersonal inte kan behandla kvinnor, flickor eller barn över lag. Utan kvinnlig personal når man inte dem som är mest behövande.
– Det är en fråga om liv och död att det finns kvinnor som arbetar.
Talibanstyret har också varit tydligt med att könssegregering gäller, vilket gör att flickor måste undervisas av kvinnor.
Den senaste inskränkningen av kvinnors rättigheter som talibanstyrets beslut riskerar att spä på trycket att lämna landet, befarar Andreas Stefansson.
– Evakueringsvågen sedan talibanerna tog över landet har avtagit. Nu är det kanske så att de som har flickor i familjen och som har möjlighet, lämnar landet.