Stadens läge gör den mycket betydelsefull för gränshandeln med Tadzjikistan och övertagandet är den största för talibanerna sedan USA i början av maj påbörjade sitt uttåg ur landet.
Shir Khan Bandar har under korta perioder 2015 och 2016 kontrollerats av rörelsen.
Fredssamtal mellan talibanerna och den afghanska regeringen har utan framgång pågått i över ett halvår, och står just nu till största del still.
De senaste dagarna har dock samtal mellan parterna återigen ägt rum, och enligt talibanerna är de angelägna om att samtalen fortsätter.