Ministern Neda Mohammad Nadim kommer med beslutet i ett brev som skickats till landets myndigheter och privata universitet.
"Ni informeras alla om att implementera den nämnda ordern om att avbryta utbildningen av kvinnor", skriver han.
En talesperson för departementet bekräftar ordern för nyhetsbyrån AFP.
FN och USA fördömer
Stéphane Dujarric, talesperson för FN:s generalsekreterare António Guterres, säger på en presskonferens att beslutet är "ytterligare ett brutet löfte".
– Det är ännu ett mycket oroande steg och det är svårt att se hur landet ska kunna utvecklas och ta itu med alla de utmaningar det redan har utan att kvinnor aktivt deltar i det aktiva arbetet och utan att kvinnor utbildas, säger han enligt spanska Efe.
Även USA fördömer beslutet, i "starkast möjliga ordalag", säger utrikesdepartementets talesperson Ned Price.
– Talibanerna måste inse att det här beslutet kommer att föra med sig konkreta kostnader för dem, säger han.
Stramar åt friheten
De flesta tonårsflickor i Afghanistan har inte satt sin fot i en skola sedan talibanerna tog makten i augusti i fjol. Inledningsvis kunde yngre flickor gå i skolan, men sedan mars i år har bara ett fåtal skolor för flickor kunnat hålla öppet.
Så sent som för två veckor sedan meddelade dock talibanerna att flickor i 31 av landets 34 provinser skulle få göra ett prov för att få sin studentexamen, trots att de bannlysts från klassrummen.
Talibanerna hade då antytt att de som klarar studentexamen kan ansöka till högre studier.
Sedan talibanernas maktövertagande har kvinnors rättigheter steg för steg stramats åt. Kvinnor har tvingats att bära heltäckande klädsel och förbjudits att besöka parker, gym och nöjesparker. De får heller inte resa längre sträckor utan manligt sällskap. Många har tvingats sluta förvärvsarbeta.