Den afghanske ministern säger att amerikanska drönare flyger kan ses flyga över Kabul i detta nu, vid en pressträff under söndagen.
– Våra uppgifter visar att de kommer in till Afghanistan från Pakistan, genom att använda Pakistans luftrum, säger han.
Han kräver ett stopp för det påstådda agerandet. Pakistan förnekar dock att så sker, och utrikesdepartementet beklagar de afghanska kommentarerna och säger att Afghanistan måste hålla sitt löfte om att inte tillåta terrorism mot något annat land från sitt territorium.
Relationerna mellan grannarna har försämrats sedan talibanerna tog makten i Afghanistan för ett år sedan, då USA drog sig tillbaka. Bland annat har talibanregimen visat sitt missnöje över att Pakistan bygger ett stängsel längs med den 2 700 kilometer långa gränsen, den omstridda så kallade Durandlinjen som drogs upp under kolonialtiden och som Afghanistan inte erkänner.
I juli utförde USA en drönarattack i Kabul som dödade al-Qaida-ledaren Ayman al-Zawahiri. Det är den första kända attacken som USA utfört i landet sedan man drog sig tillbaka från Afghanistan.