Mannen har suttit fängslad i det ökända fängelset i 15 år, där flera seniora talibanledare också suttit fängslade.
Enligt afghanska talibanstyrets talesperson Zabihullah Mujahid är frisläppandet ett resultat av "direkta och positiva" interaktioner mellan talibanerna och USA. Den frisläppte mannen tros nu vara i 40-årsåldern.
Han greps av amerikanska styrkor 2006 och fördes 2007 till Guantánamo Bay, misstänkt för att ha varit kopplad till al-Qaida och en annan militant grupp, Hezb-i-Islami. Hans familj har hela tiden nekat till anklagelserna om al-Qaida, men hävdar att han likt många andra i fånglägret stöttade Hezb-i-Islami.
Enligt Mujahid sitter endast en afghan, som misstänks ha haft nära kontakter med al-Qaidagrundaren Usama bin Ladin, kvar i fånglägret.
Hundratals personer har suttit fängslade där under USA:s krig mot terrorism, många av dem utan åtal eller möjlighet att på rättslig väg påverka sin frihetsberövning. Anklagelser om att tortyr och olagliga förhörsmetoder ska ha förekommit har genom åren riktats mot USA.
I april sade amerikanska försvarshögkvarteret Pentagon att fängelset hade 37 fångar kvar.