Raisi framförde skoningslös kritik mot nationer i väst som "stödjer homosexualitet" och kallar det för en av de "smutsigaste" episoderna i mänsklighetens historia.
– I dag försöker man i västvärlden främja idén om homosexualitet och genom att göra det försöker man göra slut på mänskligheten, sade Raisi vid ett möte.
Ugandas nya hårda hbtq-lag antogs i maj. Enligt den är inte bara samkönat sex olagligt, utan även det som kallas främjande av homosexualitet.
Den iranske ledaren erbjöd också Ugandas president Yoweri Museveni, som har haft makten i Uganda sedan 1986, stöd till att anlägga ett stort inhemskt oljeraffinaderi, något som har mött skarp kritik från miljöorganisationer.
Iran är på charmoffensiv i Afrika, för att knyta vänskapsband i syfte att försöka minska landets isolering internationellt sett. Den sällsynta visiten är den första som en iransk ledare gör till den afrikanska kontinenten på elva år.
Första anhalten var Kenya och nästa stopp på Raisis Afrikaturné blir Zimbabwe.