En av de misstänkta ska ha attackerat soldaterna när han försökte ta bilder av en anläggning som tar hand om gamla vapen. Personen ska ha använt någon slags sprej mot soldaterna som stod vakt.
De två soldaterna fördes till ett sjukhus i Tirana efter att ha fått ögonskador, enligt ett uttalande.
Albaniens premiärminister Edi Rama säger att de tre personerna misstänks för spionage.