Enligt uppgift har polisens datasystem ha angripits, vilket bland annat innebär att alla system som används av gränspolisen stängts ned och enligt lokala medier är köerna långa vid flera gränsövergångar.
Albanien anklagade i veckan Iran för att ha legat bakom en cyberattack mot landet i juli och bröt sina diplomatiska relationer med Iran.
"Preliminära utredningar visar att attacken utförts av samma aktör", uppger inrikesdepartementet nu.
Iran svarade på veckans anklagelser med att de "helt saknade grund". Landet hade på lördagseftermiddagen inte svarat på de nya anklagelserna.