Nigerias president Muhammadu Buhari manade till lugn efter tisdagens händelse.
Men oroligheterna i Lagos fortsatte under onsdagen. Flera byggnader sattes i brand, bland annat en tv-station.
Delstaten Lagos guvernör Babajide Sanwo-Olu beskriver det inträffade som ett av de mörkaste ögonblicken i nationens historia.
Enligt Amnesty International var det militärer och poliser som öppnade eld och sköt ihjäl minst tolv demonstranter på två platser i Lagos under tisdagskvällen. Händelsen inträffade sedan Sanwo-Olu beslutat om ett utegångsförbud i Lagos med hänvisning till att demonstrationerna infiltrerats av brottslingar.
Förnekar dödsoffer
Sanwo-Olu hävdar att ingen dödades i skottlossningen. Sanwo-Olu talar i stället om 30 skadade och utlovar en ordentlig utredning.
– Jag är medveten om att ansvaret ligger på mitt bord och jag kommer att arbeta med den federala regeringen för att gå till botten med denna olyckliga händelse, säger han.
Senare kom guvernören med beskedet att en person avlidit på sjukhus efter att ha fått ett slag i huvudet. Det är inte känt om det var en demonstrant.
Militären nekar
Landets militär nekar till att dess soldater skulle ha skjutit mot folkmassan.
FN:s generalsekreterare António Guterres säger i ett uttalande att han vill ha ett stopp på polisbrutaliteten. Han uppmanar myndigheterna att utreda vad som har hänt.
Tusentals nigerianer har demonstrerat för att kräva ett slut på polisbrutalitet i det västafrikanska landet. Beslutet att upplösa den övergreppsanklagade specialstyrkan Sars den 11 oktober har inte stillat demonstranternas missnöje.