Bedoya kidnappades, våldtogs under timmar och dumpades på en övergiven väg i maj 2000 när hon skrev om Colombias högerextrema paramilitära grupper. Året därpå tilldelades hon Unescos pressfrihetspris.
Bedoya menar att den colombianska staten bär ansvar för det som hon utsattes för och hävdar att en "inflytelserik" polischef var delaktig i kidnappningen.
Regeringsföreträdaren Camilo Gómez säger att rättsväsendet har misslyckats och att man inte fullgjort sina plikter om att ordentligt utreda hot mot Bedoya.
Interamerikanska domstolen för mänskliga rättigheter ska nu avgöra Colombias skuld i fallet. Domstolens dom i skuldfrågan kommer inte att kunna gå att överklaga.