Hovkällor säger att drottningen, 94 år, och Philip, 99, fick injektionerna av en hovläkare.
Vaccineringen utfördes på Windsor Castle, men inga ytterligare detaljer har offentliggjorts.
Paret har valt att isolera sig på det enorma slottet, Storbritanniens största och längst bebodda, väster om London. Drottningen ställde in sitt traditionella julfirandet på slottet Sandringham.
Fler än 1,5 miljoner invånare har vaccinerats hittills i det mest omfattande vaccinationsprogrammet i landets historia.
Äldre, deras vårdnadsgivare och hälsopersonal prioriteras först i programmet.
På lördagen meddelade myndigheterna att ytterligare 1 035 smittade personer registrerats som avlidna under den senaste 24-timmarsperioden. Närmare 81 000 coronasmittade har hittills dött i Storbritannien.
Över tre miljoner i landet sägs vara eller ha varit smittade, enligt brittiska hälsodepartementet.
Storbritannien är drabbat av en muterade variant av viruset som anses vara mer smittsam.
Från Vatikanstaten meddelade påve Franciskus, 84 år, att han ska vaccineras nästa vecka.