Grundförslaget för att bekämpa terrormaterialet på nätet lades fram redan 2018, men har suttit fast i stor oenighet, inte minst av oro för att drabba journalistiska produkter.
"Vi har byggt in starka skyddsåtgärder för att skydda vår yttrande- och informationsfrihet", anser dock EU:s inrikeskommissionär Ylva Johansson i ett uttalande om torsdagens uppgörelse.
– Dagens avtal är en viktig milstolpe för att förhindra framtida attacker, säger Margaritis Schinas, vice kommissionsordförande.
Kompromissen, som kommer att kräva ett slutligt godkännande av medlemsstaterna och EU-parlamentet, ger också nationella myndigheter rätt att beordra att andra EU-länder raderar terrorpropaganda.
Frankrike har drabbats hårt av jihadistiskt motiverad terror. Landets EU-minister Clement Beaune kallar nu kompromissen för "ett stort steg framåt, lett av Frankrike".
Inte minst är det farhågor om yttrandefriheten som har gjort att frågan har försenats.