Beskedet kommer samtidigt som landet skakas av avslöjanden om att politiker, akademiker, journalister och idrottsmän har gått före i kön för att få vaccin mot covid-19.
I sitt avgångsbrev betonar Farfán att han avgår av personliga skäl. Hans föregångare Juan Carlos Zevallos avgick i slutet av februari och har medgett att han såg till att hans mamma och andra närstående fick vaccin.
Ecuadors covidvaccin ska i nuläget främst gå till vårdpersonal och äldre på vårdhem.
Ecuador är inte det enda land i regionen som skakas av vaccinskandaler. I Peru och Argentina har det också framkommit att inflytelserika personer fått sina doser före utsatta grupper.