Fågelinfluensa är inte en trolig orsak, enligt nationalparkschefen Bocar Thiam.
– Fågelinfluensa drabbar bara fåglar som äter spannmål. Men pelikaner äter fisk, säger han.
– Vi får invänta laboratorieresultaten som kommer om fyra dagar.
Djoudj är normalt hem för tre miljoner individer från närmare 400 fågelarter. Reservatet är listat som ett världsarv av FN och attraherar stora skaror ekoturister.
Bara tio av de döda pelikanerna hade uppnått vuxen ålder, resten var ungfåglar. Landets miljödepartement meddelar att det genomför "på plats-obduktioner" i jakt på orsaken till fågeldöden.