Så många invånare som möjligt uppmanas att ta vaccinet för att vårdsystemet inte ska bli hårt ansatt i pandemitider.
Minst 59 dödsfall har rapporterats bland personer som tagit vaccinet den senaste månaden, men myndigheterna säger att det inte går att koppla vaccinet direkt till dödsfallen. 13 av dödsfallen är ännu under utredning.
– Lita på vårdmyndigheternas slutsatser. . . som nåtts efter en genomgång i samråd med experter, säger Sydkoreas president Moon Jae-In.
Förra året noterades att 1 500 äldre personer avlidit inom en vecka efter influensavaccination, men där fanns det inte heller skäl att tro att det berodde på vaccinationen, enligt regeringen.
Hittills i höst uppges 14,7 miljoner människor ha fått vaccinet i Sydkorea. Säsongsinfluensan kräver omkring 3 000 liv i landet varje år.