Beslut meddelades om reseinskränkningar de närmaste två veckorna, med start på söndag. Inrikesminister Eduardo Cabrita sade att resor får göras endast om särskilda skäl föreligger.
En anledning till skärpta åtgärder är att den nya varianten av virus, först upptäckt i Storbritannien, har fått spridning i Portugal.
– Hade vi känt till den nya varianten tidigare, så hade vi med säkerhet fattat annorlunda beslut inför julhelgen, säger premiärminister António Costa.