De största skadorna inträffade i och omkring samhället Petrinja, fem mil sydost om Zagreb. Det är det andra skalvet på två dagar i området.
Hittills har sju personer hittats döda efter skalvet. Ett av offren är en tolvårig flicka i Petrinja. Cirka 20 personer uppges skadade. Premiärminister Andrej Plenkovic, som skyndande sig till platsen, uppger att fler döda antagligen kommer att hittas.
– Armén är här för att hjälpa. Vi måste flytta en del folk från Petrinja för det är inte säkert att vara här, säger han enligt nyhetsbyrån Reuters.
Sent på kvällen uppgav stadens räddningstjänst på Facebook att 400 brandmän från hela Kroatien är på plats och att de arbetar under svåra förhållanden.
EU:s kriskomissionär Janez Lenarcic uppger på Twitter att Kroatien aktiverat EU:s civilskyddsmekanism, och att vintertält, elvärmare och sovsäckar behövs, så väl som containerbostäder, och att han kommer att resa till Petrinja under tisdagen.
Internationella Rödakors- och rödahalvmånefederationen (IFRC) uppger att Röda korset har nödpersonal på plats för att hjälpa till med evakuering och första hjälpen, och att jordbävningen med magnituden 6,4 var den starkaste i Kroatien på mer än 140 år.
Minst sex personer har hittats vid liv med hjälp av sökhundar, enligt Kroatiens bergsräddare.