Japan har framfört en protest till Kina, meddelar försvarsminister Nobuo Kishi. Robotarna ses som "allvarliga hot mot Japans nationella säkerhet och det japanska folkets trygghet", enligt Kishi.
Robotarna landade vid ön Hateruma vid Japans södra spets, relativt långt från de större japanska öarna, tillade han.
Militärövningarna är ett svar på den amerikanska toppolitikern Nancy Pelosis resa, och beskrivs som de största i området någonsin.
Kina ser öriket Taiwan som sitt eget, och har reagerat med ilska och hot på att USA markerar närvaro i området i och med Pelosis Taiwan-besök. De övningar som började på torsdagen berör flera av världens mest trafikerade farleder till havs.
"Sex stora områden runt ön har valts ut för denna stridsövning, och under denna period bör fartyg och flygplan inte befinna sig i aktuella vatten och luftrum", förklarade det statliga kinesiska tv-bolaget CCTV.
"Träffade sina mål"
Den kinesiska armén, Folkets befrielsearmé, bekräftar att såväl robotar med lång räckvidd samt konventionella robotar har avfyrats.
"Alla robotar träffade sina mål korrekt", lyder ett uttalande.
Taiwans försvarsdepartement uppger att man spårat kinesiska robotar från strax före 14 på eftermiddagen, lokal tid. Totalt har elva kinesiska missiler bekräftats i vattnen norr, öster och söder om Taiwan.
Även vid öarna Matsu, Wuqiu och Dongyin har långdistansrobotar samt andra vapenslag spårats.
Taiwan uppgav tidigare att man noga övervakar situationen, utan att eskalera situationen. Kinas "irrationella beteende" stör freden och stabiliteten i området, enligt försvarsdepartementet.
Samtidigt har Taiwan stoppat åtminstone 40 flyg till och från Taiwan på torsdagen, rapporterar tidningen China Times, enligt nyhetsbyrån AP.
Enligt tidningen ska flygplatsen i Taipei ha sagt att de inställda flygningarna "inte nödvändigtvis" har något att göra med Kinas militärövningar.
Övningarna fördöms
Peking-regimens beslut att genomföra övningarna fördöms av EU:s utrikeschef Josep Borrell.
"Det finns inget berättigande för att använda ett besök som en förevändning för aggressiv militär aktivitet i Taiwansundet. Det är normalt och rutinartat för lagstiftare från våra länder att göra internationella resor", skriver Borrell på Twitter.
Borrell är i Kambodja för ett möte med samarbetsorganisationen Asean, och det är även Kinas och USA:s utrikesministrar, Wang Yi respektive Antony Blinken.
– Jag hoppas verkligen att Peking inte skapar en kris eller letar efter en anledning att utöka sin militära aggression, säger Blinken.
Ministermötet har utfärdat en kommuniké med varningen att läget kan leda till "missräkningar, allvarlig konfrontation, öppen konflikt och oförutsägbara konsekvenser bland stormakter".
Natochefen Jens Stoltenberg anser inte heller att Pelosis besök i Taiwan ger anledning för Kina att överreagera.
– USA har gjort klart att man inte ändrar sin Taiwanpolitik. Det är ingen nyhet att högtstående officiella personer från USA och Nato-allierade besöker Taiwan, säger han enligt NTB.
Pelosi i Japan
Pelosi, talman i USA:s representanthus, fortsatte från Taiwan till Sydkorea. Hon hann där enligt sydkoreanska medier besöka den demilitariserade zonen mellan den norra och södra delen av Koreahalvön.
På ett pressmöte i Seoul hyllade Pelosi den "speciella relationen" och "varma vänskapen" mellan Sydkorea och USA, utan att nämna Taiwanbesöket.
Pelosis sista anhalt på Asienresan är Japan, där hon landat på flygbasen Yokota. På dagordningen står bland annat möte med premiärminister Fumio Kishida.