Djuren hittades vid ett röjningsarbete på ett träplantage sydväst om Melbourne i februari förra året, rapporterar CNN. 49 av de skadade koalorna fick avlivas av myndigheterna eftersom flera av dem led av svält och uttorkning och hade frakturer på kroppen.
En man och ett företag anklagas för att ha orsakat "oskälig smärta eller lidande för dussintals koalor", enligt ett uttalande. De anklagas dessutom för att bidra till utrotning eftersom koalor är en skyddad art i Australien.
De står inför totalt 126 anklagelser varav 18 rör grovt djurplågeri.
Vid en fällning riskerar företaget böter på motsvarande över 700 000 kronor. Den enskilde mannen kan utöver böter på motsvarande 290 000 kronor dömas till ett års fängelse.
Koalor lever under hot om utrotning. Vid de stora bränderna i sydöstra Australien 2019 drabbades arten hårt. 60 000 koalor antingen dog, skadades eller blev hemlösa.
Lokalt har arten även drabbats av klamydia som gör dem blinda och ger smärtsamma cystor på de reproduktiva organen. Spridningen av sjukdomar förvärras enligt den australiska regeringen av klimatförändringarna som orsakar hetta och torka.
Delstatsregeringen i New South Wales har föreslagit att koalor ska klassas som utrotningshotad.