Från och med den 1 juli kommer substanserna, även kända som ecstasy och psilocybin, kunna skrivas ut på recept av godkända läkare för att behandla posttraumatisk stress och vissa typer av depression.
Förhoppningen är att substanserna ska innebära ett genombrott för patienter med psykiska diagnoser som andra behandlingar inte fungerat på.
Mike Musker, som forskar kring självmordsprevention och mental hälsa vid University of South Australia, säger till AFP att MDMA är mest användbart vid behandling av posttraumatiskt stressyndrom medan psilocybin kan vara effektivt mot depression.
– MDMA ger människor en känsla av anknytning och gör det lättare att få kontakt med terapeuten och också att tala om svåra personliga upplevelser, säger Mike Musker.
När det gäller psilocybin säger han att det ger patienten en "psyko-andlig" effekt som inte andra substanser ger.
– Det kan få dig att känna annorlunda kring den du är och ditt liv. Och förhoppningsvis får det dig att vilja leva, säger Musker.