Marmorblocken kom lastade i containrar som anlänt till Port Botany i Sydney.
Ett första beslag gjordes i juli då 748 kilo av den potentiellt dödliga drogen, som också kallas "ice", hittades. Då greps tre män, som tros vara en del i en sofistikerad internationell narkotikaliga med kopplingar till Mellanöstern.
Förra veckan kom en ny last containrar till hamnen, och en genomsökning visade ytterligare ett ton metamfetamin gömda i marmor.
Gatuvärdet på knarket beräknas till hisnande 1,6 miljarder australiska dollar, motsvarande närmare 12 miljarder kronor, enligt delstatspolisen. Beslaget är det största av metamfetamin som gjorts i Australien.
– Vi hävdar att det här syndikatet har extremt välutvecklade kopplingar till jordens alla hörn, säger tillförordnade insatschefen John Watson vid en pressträff.
Marmorblocken var på väg till en fabrik i en förort i västra Sydney.