Den kraftiga stormen har dragit ner kraftledningar och träd och orsakat översvämningar. En kroatisk brandman har omkommit och i den huvudstaden Zagreb har två personer dödats av fallande träd, rapporterar lokala medier.
En person skadades också allvarligt när en lyftkran välte i stormen. Zagrebs borgmästare Tomislav Tomasevic säger att staden aldrig tidigare upplevt en sådan storm "både när det gäller kraft och skada".
I grannlandet Slovenien dödades en person av ett fallande träd. En person dödades också i norra Bosnien, enligt lokala medier.
I hela Balkanregionen rapporteras om hundratals skadade människor, varav några allvarligt, efter att träd fallit och takdelar och andra föremål blåst bort av de kraftiga vindarna.
I staden Sremska Mitrovica i nordvästra Serbien har nödåtgärder införts. Där har bland annat ett tak skadats på sjukhusets kirurgiska flygel. De utlysta nödåtgärderna gör det möjligt för lokala myndigheter att snabbt få mer hjälp.
Myndigheterna varnar för att fler stormar är möjliga de närmaste dagarna.
På torsdagen pågick röjningsarbetet på flera håll och människor varnas från att besöka parker och områden där träd och elledningar fallit ned.
Stormen på Balkan kommer samtidigt som södra Europa drabbats av extremvärme med skogsbränder och hälsovarningar i flera länder.