Ytterligare fem har skadats i samband med ovädret.
Översvämningarna utlöstes av kraftiga skyfall, som också lett till problem i grannlandet Nepal, där sju personer saknas.
Offren i Bhutan var ute i oländiga bergstrakter för att plocka en särskild svamp som används som medicin, och låg och sov när vattenmassorna drog in. Hela deras läger spolades bort.
"Våra tankar är med folket i Laya (sex mil norr om huvudstaden Thimpu) i dag", säger landets premiärminister Lotay Tshering i ett uttalande.