Den 66-årige presidenten, som suttit på posten sedan 2019, fördes till sjukhuset Vila Nova Star i São Paulo. Hans läkare säger att tillståndet är stabilt för honom.
Presidenten skriver på Twitter att han började må dåligt efter lunchen i söndags och att han fördes till sjukhus tidigt på måndagsmorgonen lokal tid. Bolsonaro skriver vidare att fler tester ska tas för att avgöra om han behöver opereras.
Den läkare som tidigare opererat Bolsonaro, Antonio Luiz Macedo, kommer till sjukhuset på måndagskvällen, skriver presidenten.
Bolsonaro har även lagt ut en bild på sig själv i sjukhussängen där han gör tummen upp.
Antonio Luiz Macedo säger till nyhetssajten UOL att presidenten ska provtas och genomgå bukundersökning. Bolsonaro har opererats flera gånger på grund av skador han fick när han knivhöggs i magen under ett valkampanjsmöte 2018.
I juli låg Bolsonaro fyra dagar på sjukhus för magproblem. Då berodde problemen på ett slags tarmvred, enligt ett uttalande.