Detta efter flera dagars magproblem, som visat sig i form av en bestående hicka.
Han skrevs in på ett militärsjukhus i huvudstaden Brasília under onsdagen, eftersom han hickat sedan den 3 juli då han gjorde ett tandimplantat.
Enligt ett uttalande från presidentpalatset ska han förflyttas till ett sjukhus i São Paulo, där läkare ska fatta beslut om han behöver opereras.
Presidenten har klagat på sin hicka flera gånger de senaste dagarna.
"Jag har hickat 24 timmar om dygnet", sade Bolsonaro i en radiointervju i förra veckan.
"Folket, min röst har försvunnit. Om jag börjar prata kommer hickan tillbaka. . . det har den redan gjort" sade han till anhängare som samlats utanför hans bostad under tisdagen.
Bolsonaro har opererats flera gånger på grund av skador han fick när han knivhöggs i magen under ett valkampanjsmöte 2018.
Enligt ett uttalande beror hans hälsoproblem på ett slags tarmvred.