Iförd svart läderjacka låg presidenten i täten på den 13 mil långa färden mellan mångmiljonstaden São Paulo och Americana.
Många av de tusentals deltagarna bar brasilianska flaggor eller kläder i nationsfärgerna grönt och gult.
För Bolsonaro är deltagandet ett sätt att bygga upp och vårda stödet inför valet i oktober.
– Vi har genomgått en svår tid, två års pandemi, och i dag känner vi av följderna av ett krig på andra sidan jorden, men vi kommer att övervinna hindren, sade han inför mc-entusiasterna.
Förra året anordnades liknande parader i flera städer till stöd för presidenten, i samband med det brasilianska parlamentets utredning av hans regerings hantering av coronaviruset.
– Han är en populär president, som är en av folket, och majoriteten är på hans sida, sade en av anhängarna, Leandro Rosa.
Opinionsmätningar visar att Bolsonaro ligger efter sin främste rival, den tidigare presidenten Luiz Inácio Lula da Silva, i kampen om väljarna. Bolsonaro har dock knappat in på da Silva den senaste tiden.