Skandalen briserade tidigare i år efter avslöjandet att tullen beslagtagit juveler från en regeringsrådgivare som 2021 försökt föra in dem i landet odeklarerade i en ryggsäck.
Brasilianska medborgare är skyldiga att vid ankomst med flygplan deklarera och betala en 50-procentig skatt på varor som överstiger ett visst värde. Gåvor till en president från en annan stat undantas från skatt – men presidenten har inte tillåtelse att behålla dem i privat ägo.
Skandalen innefattar flera olika gåvor.
I samband med beslutet om husrannsakan på fredagen offentliggjordes delar av den bakomliggande polisutredningen. Där framkommer att Bolsonaro misstänks ha tagit emot pengar från försäljningen av två lyxklockor som han fått i gåva från Saudiarabien under sin tid som president.
"Intäkterna från de här försäljningarna omvandlades till kontanter och hamnade sedan i presidentens ägo genom mellanhänder utan att gå genom det formella bankväsendet", hävdar utredarna, som talar om ett "olovligt berikande" av expresidenten.
Bolsonaros advokater uppger att rättsväsendet kommer att få tillgång till hans kontoutdrag.