Det nära 30 000 ton tunga fartyget togs i bruk av fransk militär 1963 och köptes av Brasilien år 2000, men togs ur bruk 2018.
Försvarsdepartementet hade tänkt att sälja fartyget till Turkiet för skrotning, men Sāo Paulo ansågs vara i för dåligt skick och fick inte ens åka in i Medelhavet. I stället beslutade man att sänka fartyget på drygt 5 000 meters djup utanför Brasiliens kust.
Miljöminister Marina Silva har protesterat och begärt att sänkningen skulle stoppas av miljöskäl, bland annat på grund av risker att asbest och tungmetaller riskerar läcka ur vraket.
Men flottan uppger att Sāo Paulo tog in vatten, att inga hamnar skulle låta det lägga till och att de inte hade något annat val än att sänka fartyget.