Han har genomgått tester efter att ha känt sig dålig under måndagen.
"Presidenten har redan blivit utskriven och mår mycket bra", skriver landets kommunikationsminister, Fábio Faria, på Twitter.
67-årige Bolsonaro knivskars i buken under presidentvalskampanjen 2018 och har sedan dess haft upprepade problem med hälsan.
På måndagskvällen dök presidenten inte upp på ett planerat evenemang som arrangerades av det Republikanska partiet. Hans hustru Michelle Bolsonaro var med på tillställningen och ska ha sagt att det inte var någon fara med hennes make.
Bolsonaro har genomgått flera operationer i buken efter knivskadan och han var inlagd senast i januari på grund av magproblem.