Phillips och den brasilianske urfolksexperten Bruno Pereira försvann i Amazonas den 5 juni. I veckan erkände en lokal fiskare att han dödat de två och pekade då ut en plats där han hade begrav deras kroppar.
De kroppsdelar som hittades på platsen fördes till huvudstaden Brasilia, där de undersöktes. Enligt den federala polisen identifierades Philips med hjälp av tänderna. Pereira har ännu inte identifierats.
Fiskaren säger sig ha skjutit Phillips och Pereira till döds. Mannen uppger för polisen att han agerade på egen hand och inte på order av någon annan. Polisen tror dock att fler personer var inblandade och att fler gripanden är att vänta.
Phillips och Pereira ska ha färdats med båt under en reportageresa för en kommande bok om miljövård.
I området runt Javaridalen där de försvann verkar både timmerhuggare och gruvarbetare, som sägs regelbundet ha hotat urfolksexperten eftersom de försöker få tillgång till mark som tillhör regnskogens ursprungsbefolkning. Motivet till dådet misstänks ha koppling till illegalt fiske i reservatet.
Journalisten hade tillsammans med urfolksexperten även utsatts för hot på fältet, enligt två organisationer som arbetar för urfolks rättigheter.