Beslutet fattades i samband med att Bolsonaro och hans fru Michelle utreds för att ha undanhållit officiella gåvor.
Även tidigare medarbetare till Bolsonaro utreds för att ha behållit och sålt dyra föremål som till exempel diamantinfattade klockor från urtillverkaren Rolex och ädelstenar från Chopard. Presenterna överlämnades vid officiella besök från bland annat Saudiarabien och Bahrain.
Domare Alexandre de Moraes godkände också granskning av Bolsonaros deklarationer samt ombad myndigheter att försöka granska ex-presidentens bankkonton och skatteuppgifter i USA, enligt bland annat det brasilianska mediebolaget G1.
Bolsonaro kan komma att förbjudas att ställa upp för politiska befattningar i åtta år om han fälls.