Myndigheterna i delstaten Rio Grande do Sul uppger att de döda djuren har drabbats av fågelinfluensa.
Brasilien utfärdade i maj en nödsituation för djur efter att flera fall av fågelinfluensa konstaterats.
De nya dödsfallen kommer efter att närmare 400 döda sälar och sjölejon spolades upp på stränder i Uruguay i september.
Tidigare i år dog 55 000 vilda fåglar och 585 sjölejon i fågelinfluensa i Peru. I somras varnade Världshälsoorganisationen (WHO) för att fågelvirus som sprids till däggdjur utgör ett utökat hot mot människor.
Även Chile och Argentina har rapporterat fall av fågelinfluensa i vattenlevande djur.
Brasilien är fortsatt klassificerat som fritt från sjukdomen, då inga fall upptäckts hos kommersiella kycklinguppfödare.