Beskedet kommer i kölvattnet av upploppen från anhängare till den tidigare ledaren Jair Bolsonaro.
På den brasilianska militärens hemsida står det att Arruda förflyttats från posten som chef för armén. Han har ersatts av Tomás Miguel Ribeiro Paiva.
Lula har flera gånger efter att kongressen stormades den 8 januari sagt att det definitivt fanns människor i armén som tillät att upploppen kunde ske. Upploppsmakarna ville att militären skulle ingripa och underkänna Bolsonaros förlust mot Lula i presidentvalet.
Arruda tillträdde på tjänsten den 30 december, två dagar innan Bolsonaros mandatperiod gick ut, och godkändes av Lulas administration i början av januari.