Insatsen inleddes i fredags, dagen efter att en 30-årig polis sköts till döds i hamnstaden Guarujá i delstaten São Paulo.
32 personer har gripits, bland dem den person som misstänks ha legat bakom mordet på polismannen. Elva vapen och minst 20 kilo narkotika har beslagtagits.
São Paulos guvernör Tarcísio de Freitas bekräftade på måndagen att dödsfallen inträffat i sammandrabbningar mellan polis och beväpnade gäng, men han slog ifrån sig alla anklagelser om att polisen skulle ha gått för långt.
– Det är oacceptabelt att attackera en polis. Vi vill inte ha någon konflikt men vi kommer inte att tolerera angrepp heller, sade han på en presskonferens.
Landets justitieminister Flavio Dino kritiserade däremot insatsen och hävde att polisens reaktion "inte verkar vara proportionellt till brottet som begåtts".
Tungt beväpnade sammandrabbningar mellan polis och narkotikagäng är vanliga i Brasilien, där påstådd misshandel från säkerhetsstyrkornas sida har lett till hård debatt.