Eduardo Fontes, polischef i Amazonasregionen, sade att den misstänkte, som kallas "Colombia" är gripen och att brottet i princip är uppklarat.
"Colombia" ska enligt polisen ha tillhandahållit ammunitionen som dödade de två och ska ha haft telefonkontakt med skytten, som redan erkänt, både före och efter mordet och ska också ha betalat skyttens advokatkostnader.
Enligt polisens utredning har "Colombia" betalat lokala fiskare för att fiska illegalt i ett reservat i Javaridalen.
Skytten, en fiskare som kallas "Pelado" greps strax efter morden har erkänt att han sköt Dom Phillips och Bruno Pereira.
Även tre av "Pelados" släktingar är misstänkta för inblandning i morden.
Phillips och Pereira sköts ihjäl den 5 juni i utkanten av Javaridalen. Pereira hade arbetat för att stoppa det illegala fisket i reservatet. Phillips, som frilansade för The Guardian, reste med urfolksexperten för att göra efterforskningar till en bok.