"Det kommer att få förödande och i vissa fall dödliga konsekvenser," skriver medborgarrättsrörelsen American Civil Liberties Union (ACLU) i ett uttalande efter omröstningen.
Arkansas parlament valde på tisdagen att köra över ett veto mot den nya lagen som lagts av guvernör Asa Hutchinson, som anser att lagen inkräktar på läkarnas arbete och familjers bestämmanderätt.
"Vi skapar nya normer för hur lagstiftning blandar sig i läkares och föräldrars beslut, i vad som är några av de mest komplexa och känsligaste frågorna som rör unga personer," skrev den republikanske guvernören i sitt veto mot lagen.
"Delstaten bör inte ta sig friheten att lägga sig i varje medicinsk, mänsklig eller etisk fråga," fortsatte han.
Men Arkansas delstatsparlament röstade emot guvernören och antog lagen med röstsiffrorna 25–8.
Läkare riskerar åtal
Lagen förbjuder medicinska och kirurgiska behandlingar som syftar till att lägga till, ta bort eller ändra på en minderårig persons fysiska attribut så att dennes biologiska kön ändras. Vårdgivare som utför, eller endast remitterar, den typen av behandlingar riskerar åtal.
Medborgarrättsrörelsen ACLU är bestört över lagen och kommer att vidta rättsliga åtgärder försöka stoppa den.
"Den här lagen kommer att fördriva familjer, läkare och företag från delstaten, och det skickar ett fruktansvärt och hjärtskärande budskap till transsexuella personer, som följer detta med förskräckelse," skriver ACLU i ett uttalande.
Våg av anti-HBTQ-förslag
En mängd lagförslag som syftar till att inskränka HBTQ-personers rättigheter har förts fram runt om i USA. Omkring 195 anti-HBTQ-förslag har lagts fram i 30 delstater i USA, enligt den USA-baserade organisationen Human Rights Campaign.
Två av dessa lagförslag har redan sedan tidigare röstats igenom i Arkansas. Den första lagen tillåter läkare att vägra ge icke-akut behandling baserat på dennes egna religiösa och moraliska inställning, vilket i praktiken möjliggör för läkare att vägra behandla HBTQ-personer.
Den andra lagen förbjuder transsexuella som föddes som pojkar att delta som kvinnor i idrottstävlingar.
I mitten på mars förbjöd Arkansas även aborter vid våldtäkt och incest. Det enda undantaget i lagstiftningen är när kvinnans liv är i fara i en medicinsk nödsituation.