De 47 männen greps under ett polisingripande på ett hotell 2018 och misstänktes då för att ha uppvisat tillgivenhet gentemot någon av samma kön.
Det är en handling som kan vara straffbar med tio års fängelse under landets strikta anti-homosexualitetslag som trädde i kraft 2014.
Lagen, som infördes under den tidigare presidenten Goodluck Jonathan, har sedan den infördes mött stark kritik i landet.
Rättsfallet mot de 47 männen skulle blivit första gången lagen prövades i en domstol.
Men fallet läggs ner sedan åklagarna upprepade gånger misslyckats med att infinna sig i rätten och inte heller lyckats förmå vittnen att infinna sig.
Att åtalet läggs ner ses av somliga som ett bevis på att lagen är svår att tillämpa.
– Man kan inte ens bygga ett åtal baserat på den. Jag hoppas att de (regeringen) inser hur överflödig den är och att de kommer att överväga att ta bort den eller upphäva den, säger Emmanuel Sadi på den nigerianska människorättsorganisationen Initiative for Equal Rights.