Justitiedepartementet har anmält Morales för sexuellt umgänge med minderårig och människosmuggling, meddelas vid en presskonferens i La Paz.
Uppgifterna går ut på att Morales, 60, tidvis ska ha haft med sig en numera 19-årig kvinna, identifierad bara som "N M", då han gick i exil efter det omdiskuterade valet 2019. "N M" uppges ha varit minderårig när de först träffades.
Morales förklarades som vinnare i valet, men resultatet blev starkt ifrågasatt, och efter växande protester flydde han landet. Numera är han baserad i Argentina, helt nära bolivianska gränsen, och för därifrån ett slags propagandakrig med Bolivias nya styre.
Den tillfälliga högerregeringen i Bolivia har tidigare fört fram flera andra allvarliga brottsanklagelser mot Morales, däribland uppvigling och terrorism.
Någon nytt val har ännu inte hållits i Bolivia, men efter förseningar med anledning av covidpandemin är det planerat till den 6 september.