"Presidenten är enligt författningen skyldig att följa landets gällande lagar liksom han är skyldig att främja folkets bästa, vilket innebär att vidta nödvändiga åtgärder för att skydda invånarnas rätt till sin hälsa", skriver den federale domaren Renato Borelli i sin motivering till domen.
Beslutet omfattar även Bolsonaros regering och anställda vid hans kansli.
Munskydd som ett led i att få bukt med coronapandemin har varit obligatoriskt i Brasilien sedan i april.
President Bolsonaro har flera gånger brutit mot regler om social distansering och även om han bär munskydd så har han ofta också låtit bli. Han har också kallat coronaviruset för "den lilla influensan".
Brasilien är hårt drabbat av coronapandemin och mer än 50 000 har mist livet i det sydamerikanska landet till följd av viruset.