Virket ska ha sålts på svarta marknaden, enligt landets Högsta domstol.
Polis har genomfört husrannsakan på flera departement under tisdagen.
Tio högt uppsatta tjänstemän i president Jair Bolsonaros regering har stängts av under utredning efter Högsta domstolens besked. Samtliga arbetar med miljöfrågor, enligt AFP.
Chefsdomare Alexandre de Moraes kallar fallet för "en extremt allvarlig plan att ge möjlighet till smugglare av produkter från regnskogar, med misstänkt inblandning . . . från miljöminister Ricardo Salles".