Kvinnan försvann i oktober förra året från familjens hem i Frederikssund och har inte hittats sedan dess. Den 44-årige prästen sitter häktad sedan mitten av november, men nekar till brott.
Åtalet bygger på bevis som kommit fram under polisutredningen.
– I samband med den har jag funnit att det finns ett tillräckligt underlag för att be rätten att ta ställning till om han är skyldig till mord, säger åklagare Anne Mette Wedell Serup till nyhetsbyrån Ritzau.
Bland annat har det framkommit att prästen före hustruns försvinnande gjort internetsökningar på ord som havsdjup, oljefat och självmord. Polisen har också hittat kaustiksoda och saltsyra hos mannen.